玉米重要自交系A188基因组研讨获得打破
发布时间：2023-09-24 19:26:07 来源：产品
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时刻：2021-06-16 11:09来历：我国农业科学院作物科学研讨所原文:
中心提示：近来，我国农业科学院作物科学研讨所作物基因组挑选育种立异团队与美国堪萨斯州立大学协作，对玉米重要自交系A188的基因组进行了拼装。该研讨在高质量的基因组拼装基础上， 深化解析了玉米愈伤安排的基因表达和DNA甲基化特征，并使用比较基因组办法提醒了基因组结构变异对玉米性状的重要影响。6月9日，相关研讨成果在线宣布在《基因组生物学（Genome Biology）》上。
近来，我国农业科学院作物科学研讨所作物基因组挑选育种立异团队与美国堪萨斯州立大学协作，对玉米重要自交系A188的基因组进行了拼装。该研讨在高质量的基因组拼装基础上， 深化解析了玉米愈伤安排的基因表达和DNA甲基化特征，并使用比较基因组办法提醒了基因组结构变异对玉米性状的重要影响。6月9日，相关研讨成果在线宣布在《基因组生物学（Genome Biology）》上。
据郑军研讨员介绍，玉米自交系A188具有很强的胚性愈伤安排再生才能，常作为优秀的转基因受体使用于玉米遗传转化系统中，但其愈伤构成机理尚不清楚，操控愈伤构成的重要基因未被克隆。拼装高质量A188基因组，将有利于解析玉米愈伤产生机理并克隆愈伤构成基因，逐渐提高玉米遗传转化功率。
本研讨对A188玉米自交系进行测序拼装，并经过两个独立的短序列全基因组测序数据剖析，极大地减少了非核DNA在核染色体基因组中的污染，构建了高质量的A188基因组。经过比较A188与玉米自交系B73参阅基因组间的结构变异，发现了多个大片段的拷贝数改变和倒序，其间，ccd1基因拷贝数变异引起的基因表达差异和y1基因的表达差异决议了A188与B73种子色彩和胡萝卜素含量的不同。研讨人员经过对A188自交系愈伤安排和麦苗安排的比较剖析，发现了愈伤安排的DNA甲基化水平处于相对高水平；经过对11种安排样品的剖析发现愈伤安排特异表达的基因包含多个防护基因。这些成果提示愈伤安排细胞经过保持较高水准的DNA甲基化和提高防护水平来减缓安排培养给愈伤安排细胞和其基因组所带来的钳制压力。此外，A188与自交系B73以及其他玉米主干自交系比较，A188在多种农艺性状方面均存在十分显着差异，A188基因组的拼装也将推进其使用于其他农艺性状的遗传研讨。
美国堪萨斯州立大学林桂芳博士、何骋博士和作科所郑军研讨员为该论文的一起榜首作者，美国堪萨斯州立大学刘三震副教授为论文的通讯作者。该研讨得到了我国农科院科学技术立异工程的赞助。
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